台南奇美博物館對外營運後，充滿濃濃歐洲風格的建築，吸引不少遊客朝聖，更入列世界級綠建築博物館！在澄毓團隊努力下，終於獲得美國綠建築 LEED 認證，成為台灣第一座綠建築博物館。民眾參觀珍貴收藏時，還可感受綠建築帶來的好處。
奇美博物館綠建築設計，在節水景觀方面，採用原生耐旱型複層植栽，大面積複層植栽綠化達 61%；選用高效率省水衛生設備，日常用水量可降低 36%，且收集的回收水，經處理後可替代供 50%以上植栽澆灌用水。
節能設計方面，有中庭自然採光，減少開燈的需求；屋頂表面設置綠屋頂，並塗高反射率塗料，降低基地熱島效應。室內並採用 LED 照明節能。營建過程中也相當重視資源回收再利用，營建廢棄物回收率達 87.7%。
